SnakeLines: integrovaná sada výpočtových postupov pre párové sekvenačné čítania

Úvod Rozvoj sekvenačných technológií so širokou paralelnou priepustnosťou dát umožnil laboratóriám po celom svete analyzovať fragmenty DNA rôznych organizmov. Avšak samotné použitie sekvenačných dát často znemožňujú dve prekážky. Po prvé, spracovanie DNA dát a ich interpretácia je často náročnou činnosťou pre výskumníkov a klinických pracovníkov s obmedzenými znalosťami informatiky. Po druhé, pre rôznorodosť dostupného bioinformatického softvéru, kde je jeden nástroj viazaný na konkrétnu verziu ďalšieho nástroja, reprodukovanie analýz dát na inom výpočtovom zariadení je častokrát príliš náročné. Výsledky Vytvorili sme framework s implementovanou sadou výpočtových postupov, nazývaný SnakeLines, pre spracovanie párových Illumina čítaní. Sada obsahuje mapovanie, skladanie, značenie variantov, identifikáciu vírusov, transkriptomickú, metagenomickú a metylačnú analýzu. Náš framework implementuje automaticky vytvorené virtuálne prostredie, ktoré obsahuje potrebné nástroje a knižnice a izoluje ich od operačného prostredia, čím zaisťuje ľahkú prenositeľnosť a reprodukovateľnosť na rôznych Unixových systémoch. Dostupnosť Zdrojové kódy výpočtových postupov, spolu s testovacími dátami, sú voľne dostupné na nekomerčné použitie v https://github.com/jbudis/snakelines. The post SnakeLines: integrovaná sada výpočtových postupov pre párové sekvenačné čítania appeared first on Geneton.

prejsť na článok

Darčeková sada uterákov a osušiek Kvet

Darčeková sada uterákov a osušiek Kvet Originálna darčeková sada uterákov a osušiek balené v krabici. Sada obsahuje 2ks uterák 50x100cm a 2ks osuška 70x140cm. Materiál: 100% Bavlna Farba: biela, svetlo-sivá Gramáž: 420g/m2 Údržba

prejsť na článok

Projekt určený na podporu čítania detí v Leviciach

Úspešný projekt určený na podporu čítania detí v Leviciach Čítam, čítaš, čítame zameraný na čitateľskú gramotnosť detí a na rozvoj ich čitateľských kompetencií...

prejsť na článok

Čítanie (Viktória Marcinová)

Viktória Marcinová je odborníčkou v oblasti čítania detí. Vytvorila viacero úspešnýchprojektov na podporu čítania (Čítajme si spolu, Prečítané leto, Krajina čitateľov)a neustále hľadá nové cesty a možnosti, ako deti motivovať k čítaniu. Vo videu námokrem

prejsť na článok

Novela verejného obstarávania prešla do druhého čítania, má zjednodušiť a zrýchliť verejné nákupy

Vládny návrh novely zákona o verejnom obstarávaní, ktorý pripravilo Ministerstvo investícií, regionálno rozvoja a informatizácie SR (MIRRI), sa dostal do druhého čítania. Poslanci Národnej rady SR to v stredu odhlasovali po prerokovaní návrhu v prvom číta

prejsť na článok

Dárek na Valentína

Čo sú to firemné darčeky? Aké môžu byť? Je to úplne čokoľvek, čo si zakúpite z e-shopu. Rozoberieme si to viac dopodrobna. Parfémy tak v tomto som úplný odborník. Parfémov mám doma asi milión (s nadsadením) a každý je iný. Naposledy som dostala dva parfé

prejsť na článok